Когда мы говорим о плагинах и модульных приложениях, то в первую очередь имеем в виду обычный пользовательский софт. Однако модульный дизайн может быть не менее полезен при разработке руткитов и бэкдоров. Обычными средствами обновлять такой софт слишком палевно, да и не всегда возможно, а вот незаметно подгрузить модуль с новой функциональностью по сети — это пожалуйста. А если вынести ключевую функциональность в модули и удалять их сразу после загрузки, то можно серьезно подпортить жизнь реверсеру.